La publicación de la secuencia del genoma del barril médico (Medicago truncatula) abre el camino a análisis genómicos comparativos que aborden la diversificación evolutiva de los componentes centrales de la endosimbiosis de las raíces de las plantas. Nuestros análisis filogenéticos y de evolución de familias de genes sugieren la aparición independiente de genes esenciales para el establecimiento de la simbiosis rizobio-leguminosa a partir de funciones ancestrales. La mayoría de estos genes "innovadores" tienen homólogos en la dicotiledónea no leguminosa Arabidopsis thaliana y, por lo tanto, pueden representar adaptaciones evolutivas en lugar de novedades estrictamente limitadas a la asociación Rhizobiales-legumbres. Por el contrario, los miembros de una familia de genes de simbiosis esencial se identificaron únicamente en eudicotiledóneas y leguminosas involucradas en interacciones rizobianas, lo que apunta a su coevolución dentro de estos linajes. Nuestros análisis descubren el papel de un "conjunto de herramientas" genómico que contiene componentes genéticos de la endosimbiosis vegetal tanto recientemente reclutados como antiguos, lo que arroja nueva luz sobre las bases evolutivas y genéticas de la adaptación de las leguminosas a las condiciones de la rizosfera.