El protocolo comienza con el tratamiento con Vortex Fluidic Device (VFD) de una mezcla de proteinasa K y el congelado, luego tejido roto. A continuación, la mezcla de reacción se procesa para eliminar los sólidos y los inhibidores de la ADN polimerasa. A continuación, el ADN recuperado se purifica y se concentra. Finalmente, el ADN se amplifica, cuantificado, y caracterizado por (B) qPCR y (C) secuenciación de ADN de las muestras. Crédito:PLOS ONE
El ADN en especímenes de museo conservados puede permitir a los científicos explorar la historia del impacto de las especies y las humanidades en el ecosistema, pero las muestras generalmente se conservan en formaldehído, que puede dañar el ADN y dificultar su recuperación.
Los investigadores han utilizado un dispositivo fluídico de vórtice (VFD) para acelerar la extracción de ADN de una langosta estadounidense conservada en formaldehído, y los resultados proporcionan una hoja de ruta para explorar el ADN de millones de especies valiosas e incluso extintas en museos de todo el mundo.
Jessica Phillips, candidata al doctorado en Flinders, dice que procesar el tejido preservado de especímenes de museo en el VFD rompe las proteínas, liberando ADN que ofrece importante información genética histórica.
"La extracción de ADN se logra procesando el tejido preservado en una solución enzimática en el VFD. Esta enzima rompe las proteínas, liberando el ADN que se puede analizar. Al usar el VFD podemos acelerar este proceso de días a horas, "dice la Sra. Phillips.
"Durante 150 años, estas muestras se han conservado en formaldehído que puede dañar el ADN y también dificultar la recuperación del ADN. Usamos energía mecánica en un dispositivo fluídico de vórtice (VFD) para acelerar la extracción procesando el tejido conservado en una solución enzimática en el VFD ".
Este trabajo es una colaboración entre la Universidad de California, Irvine (UCI), El Departamento de Biología Organísmica y Evolutiva de la Universidad de Harvard, y la Universidad de Flinders.
Jessica Phillips con Vortex Fluidic Device en Flinders University. Crédito:Universidad de Flinders
Los investigadores dicen que los resultados proporcionan una hoja de ruta para explorar el ADN de millones de especies históricas e incluso extintas en museos de todo el mundo.
El profesor de investigación de la Cátedra de Investigación de Tecnología Limpia Colin Raston dice que el trabajo se basa en el cuerpo de unos 80 artículos que su grupo de investigación ha publicado sobre el dispositivo fluídico vórtice.
"Las aplicaciones del VFD se están expandiendo rápidamente, pero esto solo ha sido posible gracias a la colaboración interna. La aplicación de extracción de ADN implicó la colaboración con otros dos laboratorios de investigación encabezados por el profesor Greg Weiss en la UCI y el profesor Peter Girguis en Harvard ".
"Solo hemos arañado la superficie sobre lo que es posible para este dispositivo, "dice el profesor Raston."
