Las estructuras cortas parecidas a pelos hechas de microtúbulos que ayudan a mover las células se llaman cilios. Los cilios son proyecciones cortas parecidas a pelos que se extienden desde la superficie de una célula. Están compuestos por microtúbulos, que son filamentos proteicos largos y delgados. Los microtúbulos están dispuestos en un patrón característico "9+2" en los cilios, con nueve dobletes de microtúbulos que rodean dos microtúbulos centrales.

Los cilios baten de forma coordinada, lo que ayuda a mover células o líquidos. Por ejemplo, los cilios del tracto respiratorio ayudan a expulsar la mucosidad y las partículas extrañas de los pulmones. Los cilios en el tracto reproductivo ayudan a mover los óvulos y los espermatozoides.

Además de su papel en el movimiento celular, los cilios también tienen otras funciones. Por ejemplo, algunos cilios participan en la detección del entorno y el envío de señales a la célula. Otros cilios participan en la división celular.