Realizó una serie de experimentos famosos en la década de 1860, usando matraces de cuello de cisne. Estos experimentos demostraron de manera concluyente que:
* Los microorganismos no se generan espontáneamente a partir de materia no viva.
* La vida solo puede surgir de la vida preexistente.
El trabajo de Pasteur refutó la teoría prevaleciente de la generación espontánea y proporcionó un fuerte apoyo a la teoría de la biogénesis.