Un marco de lectura abierto (ORF) es una secuencia de ADN o ARN que puede traducirse a una proteína. Se caracteriza por:
1. Iniciar codón: Un ORF comienza con un codón de inicio, típicamente Aug (metionina).
2. Detener el codón: Un ORF termina con un codón de parada, típicamente UAA, UAG o UGA.
3. Secuencia de codificación continua: La secuencia entre los codones de inicio y parada es un estiramiento continuo de codones que se puede traducir a una proteína.
4. Marco de lectura: Los ORF se leen en un marco de lectura específico, lo que significa que los codones se agrupan en conjuntos de tres nucleótidos.
Importancia de ORFS:
* Síntesis de proteínas: Los ORF proporcionan la información genética necesaria para la síntesis de proteínas.
* Identificación del gen: Identificar ORFS es un paso crucial en la predicción y la anotación de los genes.
* Análisis funcional: El análisis de ORF puede ayudar a determinar la función de los genes.
* Estudios evolutivos: Los ORF juegan un papel en la comprensión de las relaciones evolutivas entre los organismos.
Encontrar orfs:
Los ORF se identifican típicamente utilizando herramientas bioinformáticas que buscan las siguientes características:
* Iniciar y parar codones
* Longitud de secuencia de codificación
* Homología de secuencia a genes conocidos
Ejemplo:
`` `` ``
... atgtgcaaggttacgtgtag ...
`` `` ``
En esta secuencia, el ORF es:
* Codón de inicio: AGO
* Codón de parada: Uag
* Secuencia de codificación: Atgtgcaaggttacgtgt
nota:
* No todos los ORF se traducen en proteínas. Algunos ORF pueden estar no codificando o pueden codificar para ARN no codificadores de proteínas.
* La longitud y la secuencia de un ORF pueden variar ampliamente entre los genes.
* El concepto de ORFS es esencial para comprender la expresión génica y la función de proteínas.
