He aquí por qué:
* Mutaciones sinónimos son cambios en la secuencia de ADN que no alteran la secuencia de aminoácidos de la proteína codificada por el gen. Esto se debe a que el código genético es redundante, lo que significa que varios codones pueden codificar para el mismo aminoácido.
* mutaciones no sinónimas , por otro lado, cambie la secuencia de aminoácidos, que puede alterar potencialmente la función y la estructura de la proteína.
* inserciones y deleciones (Indels) puede causar cambios de cuadro, lo que lleva a cambios significativos en la secuencia de proteínas y que requieren una realineación extensa.
Dado que las mutaciones sinónimas no cambian la secuencia de proteínas, tienen un impacto mínimo en la estructura general y la función del gen. Esto los hace menos propensos a interrumpir la alineación de regiones homólogas en diferentes especies.
Por lo tanto, una mutación sinónima menos requeriría la realineación de las regiones homólogas en un gen común a varias especies relacionadas.