El cigoto de Rhizopus resulta de la unión de dos hifas haploides. El cigoto maduro es multinucleado y sufre meiosis para formar cuatro núcleos haploides. Estos núcleos luego migran a la periferia del cigoto y quedan rodeados por paredes celulares, formando cuatro nuevas hifas haploides.
Las estructuras que se encuentran a ambos lados del cigoto Rhizopus se llaman rizoides. Los rizoides son hifas que crecen a partir del cigoto y ayudan a anclarlo al sustrato. Los rizoides también absorben nutrientes del sustrato y los transportan al cigoto.
