Los eucariotas no se clasifican como separados de los procariotas cuando forman colonias de procariotas. Los eucariotas y los procariotas son dos dominios distintos de la vida, caracterizados por estructuras celulares e historias evolutivas fundamentalmente diferentes. Los procariotas son organismos unicelulares que carecen de un núcleo rodeado de membranas y de otros orgánulos rodeados de membranas. Por el contrario, los eucariotas incluyen todos los organismos con núcleos y orgánulos unidos a membranas, abarcando una amplia gama de organismos, desde protistas hasta animales, plantas y hongos.

Cuando múltiples células procarióticas coexisten en estrecha proximidad o forman arreglos coloniales, no forman células eucariotas ni constituyen eucariotas. Estas colonias o agregados de células procariotas todavía caen bajo el dominio procariótico, ya que mantienen los rasgos estructurales y genéticos característicos de los procariotas. Por el contrario, las células eucariotas son distintas y distintas de las colonias procarióticas en términos de complejidad celular, componentes celulares y orígenes evolutivos.