Los plásmidos autotransmisibles poseen los genes necesarios para mediar su transferencia de una célula bacteriana a otra sin requerir ningún elemento genético móvil adicional. Por lo general, estos plásmidos codifican un sistema de secreción tipo IV completo (T4SS), los componentes necesarios para sintetizar un pilus y las proteínas necesarias para procesar y transferir el ADN plasmídico del donante a la célula receptora. El plásmido F de Escherichia coli es un ejemplo típico de plásmido autotransmisible y contiene un grupo de genes necesarios para su propia transmisión, conocidos como genes tra (genes de transferencia). Estos genes codifican proteínas que participan en la formación de pili conjugativos, el reconocimiento de las células receptoras, la transferencia del ADN plásmido y la regulación del proceso de apareamiento.