Cuando se aplica un campo eléctrico, las partículas cargadas positivamente (cationes) en el gel o la membrana se moverán hacia el electrodo negativo (cátodo), mientras que las partículas cargadas negativamente (aniones) se moverán hacia el electrodo positivo (ánodo). Este movimiento de partículas cargadas crea una diferencia de presión osmótica entre los dos lados de la membrana. El lado de la membrana que contiene la mayor concentración de cationes tendrá una presión osmótica más alta que el lado que contiene la mayor concentración de aniones.
Como resultado de esta diferencia en la presión osmótica, las moléculas de agua se moverán desde el lado de la membrana con menor presión osmótica hacia el lado con mayor presión osmótica. Este movimiento de las moléculas de agua se llama flujo endosmótico.
El flujo endosmótico puede tener varios efectos sobre la separación electroforética de partículas cargadas. Primero, puede hacer que las partículas se muevan más rápido o más lento de lo que lo harían en ausencia de flujo endosmótico. En segundo lugar, puede cambiar la dirección del movimiento de las partículas. En tercer lugar, puede hacer que las partículas se extiendan más o menos de lo que lo harían en ausencia de flujo endosmótico.
Los efectos del flujo endosmótico sobre la separación electroforética se pueden controlar manipulando la composición del gel o membrana y la intensidad del campo eléctrico.
