Sistemas de modificación de restricción:las bacterias emplean enzimas de restricción que reconocen y escinden secuencias de ADN específicas de los fagos invasores. Al mismo tiempo, el ADN del huésped está protegido metilando nucleótidos específicos, lo que lo hace inmune a la escisión.
Sistemas CRISPR-Cas:las bacterias pueden adquirir inmunidad contra fagos específicos a través del sistema inmunológico adaptativo CRISPR-Cas. Las matrices CRISPR contienen secuencias cortas derivadas de infecciones previas de fagos, que guían a las proteínas Cas para reconocer y escindir el ADN del fago invasor.
Infección abortiva:algunas bacterias emplean mecanismos de infección abortiva que detienen la replicación viral en una etapa temprana, lo que provoca la muerte de la célula infectada e impide la liberación de fagos descendientes.
Reordenamientos del genoma:los genomas bacterianos pueden sufrir reordenamientos extensos, como inversiones o eliminaciones, alterando sitios críticos de unión de fagos o genes esenciales necesarios para la replicación viral.
Proteínas anti-CRISPR:los propios bacteriófagos pueden producir proteínas anti-CRISPR que inhiben la función de los sistemas CRISPR-Cas, lo que les permite infectar con éxito al huésped.
Mutaciones inducidas por el huésped:las bacterias pueden adquirir rápidamente mutaciones que alteran los sitios receptores de fagos en sus superficies celulares, haciéndolas resistentes a la infección por fagos específicos.
Formación de biopelículas:ciertas bacterias pueden formar biopelículas protectoras que encierran las células bacterianas en una matriz de material extracelular, protegiéndolas de la infección por fagos.
Integración de profagos:los bacteriófagos pueden integrar sus genomas en el cromosoma del huésped como profagos. En este estado, quedan inactivos y ya no se replican, evadiendo la destrucción por otros fagos.
La eficacia de estos mecanismos de defensa varía entre especies bacterianas y depende de las interacciones específicas entre fago y huésped. Además, los bacteriófagos están en constante evolución y pueden superar las defensas del huésped, lo que lleva a una carrera armamentista continua entre las bacterias y sus depredadores virales.