El investigador postdoctoral Joe Edwards y la estudiante de posgrado Sarah Love, ambos del Departamento de Ecología y Biología Evolutiva de la Universidad de Tennessee en Knoxville, publicaron esta primavera hallazgos que pueden ahorrarles a sus colegas investigadores mucho tiempo y energía al almacenar muestras de suelo para más adelante. estudio de su contenido microbiano.
El trabajo aparece en la revista Soil Biology and Biochemistry. .
El método preferido para almacenar muestras de suelo para el estudio de microbios ha sido durante mucho tiempo congelarlas para mantener el ADN intacto para estudios que podrían necesitar extraer información años después. La desventaja es la necesidad de alimentar estos congeladores y mantener las instalaciones para albergarlos.
Edwards y Love examinaron una amplia gama de muestras de suelo. Su análisis indica que el suelo almacenado en condiciones de refrigeración o secado al aire aún puede conservar la información necesaria para comprender la composición y estructura de la comunidad microbiana durante muchos años.
"Queríamos demostrar que estos suelos secados al aire todavía eran útiles para comprender las comunidades microbianas del suelo", dijo Edwards. "Estamos utilizando microbios secos del suelo de una base de datos nacional archivada para observar patrones espaciales a largo plazo en todo el continente en comunidades de hongos y compararlos con datos del censo forestal de todas esas mismas parcelas".
Esta base de datos de suelos almacena un historial de los cambios ecológicos en un área durante largos períodos de tiempo. Los investigadores quieren estudiar estos suelos con métodos relativamente nuevos para construir una línea de tiempo de los cambios ecológicos en los hongos a nivel microbiano.
"Esta tecnología de secuenciación microbiana sólo ha existido durante los últimos 10 a 15 años aproximadamente", dijo Edwards. "No tenemos trayectorias a muy largo plazo para estos microbiomas. Lo bueno de estos archivos es que se tomaron muestras más de una vez, por lo que tenemos múltiples remuestreos. Podemos observar cuánto de esa comunidad cambia con el tiempo y obtener patrones históricos para ellos, algo que realmente nadie ha hecho todavía."
Los resultados que encontraron Edwards y Love muestran que las muestras de suelo almacenadas en seco pueden ser extremadamente útiles para estudiar cómo las propiedades del suelo y las comunidades de hongos cambian durante períodos más largos, potencialmente hasta décadas.
"Lo que decíamos en el periódico tiene algunos matices", dijo Edwards. "Logramos mantener la variación ambiental que se explicó en la comunidad microbiana. El método no es tan confiable si solo se intenta rastrear taxones específicos de hongos a lo largo del tiempo. Pero para observar patrones amplios en la diversidad y la comunidad composición, es útil para tener una buena idea de la forma general de estas comunidades a medida que cambian en el espacio y el tiempo."
Conocer la confiabilidad de la información archivada disponible puede ayudar a los futuros investigadores a saber que sus muestras les brindarán los datos precisos que necesitan.
Edwards y Love aplicarán los hallazgos ellos mismos a la siguiente fase de su propia investigación del suelo:secuenciar miles de suelos secados al aire de todo el país. La información que encuentren puede ofrecer una nueva e importante comprensión de los patrones de cambio globales a largo plazo.
Más información: Joseph D. Edwards et al, Los métodos de almacenamiento en el suelo a largo y corto plazo distintos de la congelación pueden ser útiles para el análisis de comunidades microbianas basadas en ADN, Biología y bioquímica del suelo (2024). DOI:10.1016/j.soilbio.2024.109329
Proporcionado por la Universidad de Tennessee en Knoxville