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    ¿COVID-19 marcará el final de la publicación científica tal como la conocemos?

    La pandemia en curso ha unido a investigadores de todo el mundo. Este gráfico, basado en datos recopilados por el bibliotecario del programa de evaluación Chan Li, ilustra la naturaleza global de la investigación de UC Berkeley sobre COVID-19, con puntos en el mapa que muestran las ubicaciones de los investigadores que colaboraron con los autores de Berkeley en un conjunto de nueve estudios publicados a principios de este año. Los estudios, agrupados por color, exploran temas que van desde el papel de la robótica en el manejo de enfermedades infecciosas hasta políticas para proteger a las comunidades de bajos ingresos en áreas urbanas. El Área de la Bahía, fuertemente representado en los nueve estudios, se representa con una rueda de colores. Crédito:Universidad de California - Berkeley

    Randy Schekman se está cansando un poco de hablar de esto.

    Pero entonces, esta podría ser la última vez que tenga que hacerlo.

    "El argumento a favor del acceso abierto es tan obvio, es doloroso tener que repetirlo, "dice Schekman, premio Nobel de 2013 y biólogo de UC Berkeley. "El público paga por la investigación, y, sin embargo, no pueden leer la investigación. Los médicos no tienen acceso a la literatura:las empresas de biotecnología que están a la vanguardia del descubrimiento no pueden pagar las licencias ".

    "Es obvio que así tiene que ser, " él dice.

    Bajo la presión de una crisis sanitaria mundial, el argumento a favor del acceso abierto se ha hundido. A raíz de los llamamientos de la Organización Mundial de la Salud y los líderes gubernamentales, más de 150 editores, compañías, y las instituciones de investigación han acordado hacer que todo el contenido relacionado con COVID-19 sea de lectura gratuita, asegurando que los esfuerzos para comprender el virus puedan avanzar sin inmutarse.

    El resultado parece la carrera de relevos más épica de la historia. Docenas, a veces cientos, de los estudios se publican diariamente, con colas de citas dando vueltas por todo el mundo. Las mutaciones genéticas del virus, pistas de su propagación, llenan las bases de datos por miles. Y una nueva cultura de intercambio de datos ha impulsado la colaboración científica como nunca antes.

    Así que ahora la pregunta es:¿Es este el catalizador que rompe los lazos de un viejo modelo editorial de una vez por todas?

    "Esta puede ser la última vez que hablemos de tener acceso especial a los periódicos debido a una pandemia, "Dice Schekman.

    Una nueva frontera

    Fuera de las emergencias de salud pública, la velocidad a la que los descubrimientos de la investigación se abren camino en todo el mundo no es tan revolucionaria.

    De hecho, después de que un investigador envía un estudio a una revista, pueden pasar varios meses, o incluso un año o más, para que el periódico vea la luz del día.

    "A menudo es un proceso muy lento, "dice Jade Benjamin-Chung, epidemióloga y conferencista en la Escuela de Salud Pública de UC Berkeley.

    Una vez publicado, el contenido está sellado lejos de la mayoría, disponible solo a través de importantes licencias de sitio o un cargo de aproximadamente $ 30 por artículo. Miembros del público, cuyos impuestos financian gran parte de la producción científica de la nación, puede ver el material solo después de un período de embargo de seis meses a cuatro años, dependiendo de la revista.

    "Es un escándalo, "Dice Schekman.

    Las cosas son diferentes ahora durante una pandemia. La mayoría de las revistas importantes han derribado temporalmente los muros de pago para el contenido de COVID-19, citando su compromiso de ayudar a la investigación sobre la enfermedad. Muchos editores también están acelerando el material relacionado con COVID-19.

    Todavía, a medida que los laboratorios de todo el mundo realizan estudios sobre esta enfermedad, las revistas no pueden seguir el ritmo. En lugar de, los investigadores están recurriendo a los preprints:versiones de acceso abierto de los trabajos de investigación que se comparten antes de la revisión o publicación oficial. Los científicos publican sus manuscritos en repositorios abiertos conocidos como servidores de preimpresión, donde otros puedan leer y discutir los hallazgos.

    Los servidores se han disparado con contenido en los últimos meses. Por junio, más de 5, Se han publicado 000 artículos sobre el virus en los principales servidores de biología y medicina. bioRxiv y medRxiv (pronunciado "bioarchivo" y "med-archive").

    El atractivo de los preprints es claro:acceso y rapidez. El acceso instantáneo a la literatura científica puede salvar a los investigadores de la repetición innecesaria de experimentos, por ejemplo. Pero hay un problema:los preprints aún deben pasar por la revisión por pares, la prueba estándar de la buena ciencia.

    (La mayoría de los grandes servidores de preimpresión tienen algunas medidas de control de calidad, aunque. Preprints sobre bioRxiv y medRxiv, por ejemplo, son evaluados por expertos en la materia y miembros del personal, con filtros más estrictos para el contenido de COVID-19).

    "Una gran ventaja de la publicación rápida de información es que puede informar inmediatamente a otras investigaciones, "Dice Benjamin-Chung." Pero lo que significa es que si vamos a utilizar una preimpresión para informar nuestro estudio, tenemos que revisarlo con mucho cuidado nosotros mismos ".

    Con su equipo de investigación, Benjamin-Chung ha estado estudiando detenidamente los datos sobre las pruebas de COVID-19 en los EE. UU. Y otros países, La aplicación de modelos estadísticos para estimar cuál podría haber sido el recuento de casos temprano en los EE. UU. estaba probando pruebas más sólidas.

    ¿La estimación de su equipo? Aproximadamente nueve veces más de lo que se informó, o aproximadamente 6,3 millones de infecciones para el 18 de abril, según la preimpresión.

    "Si evaluamos principalmente a las personas que tienen síntomas, especialmente aquellos que son más sintomáticos, solo estamos viendo la punta del iceberg, ", Dice Benjamin-Chung." Probablemente hay mucha transmisión en la comunidad que no estamos capturando ".

    El modelo fue informado por muchos artículos y preprints, incluidos los estudios que analizaron al azar el virus en individuos asintomáticos y los estudios que examinan la precisión de las pruebas de diagnóstico.

    "Estamos analizando estudios de todo el mundo, ", dice." Y si otros investigadores no publicaron sus preprints, no podríamos haber desarrollado nuestro modelo tan rápido ".

    Mejor, más rápido, más fuerte

    Cuando se trata de adaptar las publicaciones académicas para una pandemia, aunque, los preprints son solo una parte de la ecuación. Hay un océano de importantes descubrimientos disponibles al instante, sino también un océano de estudios, algunos profundos, algunos dudosos — para abrirse paso.

    Aqui otra vez, el acceso abierto será fundamental, dicen los investigadores. Si un cuello de botella importante en la publicación es el proceso a menudo prolongado de revisión por pares, la solución se parece a una red global de científicos desplegados a la vez.

    Una de esas coaliciones es Rapid Reviews:COVID-19, una revista innovadora de acceso abierto recientemente lanzada por UC Berkeley y MIT Press. Construido para lograr un equilibrio entre velocidad y rigor, la revista utiliza software de aprendizaje automático (desarrollado en el Laboratorio Nacional Lawrence Berkeley) junto con un equipo global de voluntarios para recopilar y examinar decenas de preimpresiones cada semana. Explorar Internet en busca de información como menciones en las redes sociales e informes universitarios, el equipo puede identificar rápidamente estudios prometedores que necesitan revisión.

    En el corazón de ese modelo se encuentra el acceso amplio y abierto a la literatura, dice Hildy Fong Baker, editor gerente de la revista.

    "Queremos tener un ecosistema editorial que funcione tanto para los científicos que realizan investigaciones como para los miembros del público que desean comprenderlo y que podrían tener una vida mejor gracias a él. "dice Baker, quien es el director ejecutivo del Centro de Salud Pública Global de UC Berkeley y el Centro de Entrega de Salud Global UC Berkeley-UCSF, Diplomacia, y Economía. "El acceso abierto es una parte clave de eso".

    "Necesitamos acceso a esos servidores abiertos para hacer este trabajo, ", dice." Si no tuviéramos eso, no tendríamos nada que revisar ".

    Incluso sin revistas aunque, Internet ha reunido su propia vanguardia virtual:el público. Porque todo está al aire libre ha surgido una especie de sistema de revisión por pares ad hoc en foros científicos y redes sociales, adoptado por investigadores de todo el mundo.

    "Si (un estudio) es de interés, las personas lo revisan por sí mismos y comienzan a comentar de inmediato, "dice Martyn T. Smith, profesor de toxicología de UC Berkeley.

    A principios de este año, dos preprints de Alemania y China revelaron cómo el virus SARS-CoV-2, que causa COVID-19, se une a una enzima esencial para su replicación, encajando en la forma única de la enzima como una llave en una cerradura. (Una vez comprometido, esa enzima comienza a cortar cadenas del material genético del virus en nuevos virus para bebés).

    Equipado con esas pistas, Smith y otros probaron más de 2, 500 compuestos naturales en una simulación por computadora en 3-D para ver si alguno de esos químicos podría unirse con la enzima en su lugar, tapando el ojo de la cerradura y bloqueando el virus.

    La meta, Smith dice, es identificar alimentos y suplementos naturales que podrían proporcionar algún alivio contra el coronavirus en ausencia de medicamentos aprobados o una vacuna.

    "Estamos muy interesados ​​en la idea de ¿Qué explica que las personas tengan alguna susceptibilidad al virus y otras no? ", dice Smith." Y creemos que la dieta podría desempeñar un papel importante ".

    Por último, el estudio (aún no revisado por pares) encontró que los alimentos ricos en flavonoides, incluidos muchos vegetales, frutas y algunos tés, pueden ayudar a prevenir infecciones. (Varios estudios recientes han llegado a conclusiones similares).

    Poco después de que se publicó la preimpresión, otros investigadores comentaron que consumir en exceso incluso compuestos naturales podría ser dañino, a lo que Smith respondió rápidamente. (El estudio advierte contra la ingesta excesiva de flavonoides).

    "El objetivo de publicar estudios así es que los datos están ahí para que la gente calificada los evalúe, ", Dice Schekman." No es solo un artículo de periódico, es un artículo acompañado de datos ".

    'Una mentalidad de vaquero'

    Por todos sus beneficios, los preprints han tenido un ascenso algo lento a la fama.

    El primer servidor de preimpresión, arXiv, fue lanzado en 1991, en el Laboratorio Nacional de Los Alamos, como depósito remoto para nuevos trabajos en física. Si bien los preprints han sido populares durante mucho tiempo en los campos de la física, Matemáticas, y ciencias de la computación, solo recientemente se han puesto de moda en biología y medicina, con el lanzamiento de bioRxiv y medRxiv en 2013 y 2019, respectivamente.

    Esa trayectoria tiene algo que ver con el poder todopoderoso de los editores sobre la erudición, Schekman, y la amplia demanda de cambio de los investigadores.

    "Las revistas solían tener una política de embargo muy estricta, "dice Schekman, ex editor en jefe de la revista de acceso abierto eLife. "Revistas comerciales como Celda solía decirles a sus autores que si incluso habla de estos resultados en un simposio, podemos retirar el trabajo de consideración.

    "Se vieron obligados a ceder en esto".

    Hoy dia, casi todas las revistas importantes permiten o, en algunos casos, Anime a los investigadores a publicar sus estudios en servidores de preimpresión antes de la publicación. Muchas revistas incluso han empezado a prometer en sus sitios web que hacerlo no perjudicará las posibilidades de publicación de un artículo en el futuro.

    Han tenido un ascenso meteórico desde entonces. Según un estudio de eLife, Se publicaron más preprints en bioRxiv en 2018 que en los cuatro años anteriores combinados.

    Pero la resistencia persiste. Incluso ahora, algunas revistas prohíben compartir preimpresiones. Otros son ambiguos acerca de sus políticas.

    Hábitos también, son lentos para cambiar, Schekman dice. Por una cosa, los investigadores tienen miedo de ser "recogidos", de que otros copien sus experimentos y datos. Un investigador en el campo de Schekman, De hecho, se había negado a publicar un estudio en el sitio bioRxiv porque "daría una ventaja a sus competidores, "recuerda.

    "(El investigador) quería retener los resultados el mayor tiempo posible, ", Dice Schekman." Esa es una actitud, pero es uno que rechazo ".

    "Es parte de la cultura, la cultura tóxica en la erudición que favorece al individuo sobre la colegialidad y la cooperación, "Continúa." Es una mentalidad de vaquero ".

    Al mismo tiempo, Los mensajes de las revistas en torno a los preprints no han sido tan brillantes. En 2016, Emilie Marcus, luego editor en jefe de Celda y director ejecutivo de Cell Press, desanimó a los investigadores a citar preprints, diciendo que hacerlo apuntalaría un "pseudo-artículo que se infiltra en la credibilidad por una puerta trasera".

    El efecto de tal señalización ha sido claro, y en algunos casos, herida. Según un estudio de 2018 en la revista de acceso abierto PLOS Medicina , Los preprints aceleraron significativamente la difusión de la investigación durante la epidemia de Zika de 2015-16 y el brote de Ébola de 2013-16. Pero solo el 5 por ciento de los artículos sobre las dos enfermedades se publicaron por primera vez como preimpresiones, el estudio encontró.

    Los datos cruciales también se mantuvieron en secreto. Según un boletín de la OMS de 2016, Fueron las "deficiencias de los mecanismos de intercambio de datos existentes" las que, en última instancia, paralizaron el progreso científico sobre el ébola. La OMS pidió acceso abierto a los datos de investigación en las próximas emergencias de salud pública.

    "No puedes sentarte en estas cosas, "dice Ann Glusker, La sociología de Berkeley, demografía, y bibliotecario de investigación cuantitativa y ex epidemiólogo. "Si lo publica, vas a informar a los demás sobre cómo proceder, y vas a ahorrar miles, millones de vidas, potencialmente.

    "Aunque todavía tienes que estar atento a los preprints, son todo lo que tenemos ahora, ", dice." No puedes simplemente tocar tu nariz y decir:'Oh, los datos simplemente no están disponibles '".

    'Habrá una revolución'

    Para Benjamin-Chung, el epidemiólogo de Berkeley, la esperanza es que el aumento actual en el intercambio de datos solo se expanda en un mundo pospandémico.

    Tal y como está, incluso los diarios abiertos que exigen el intercambio de datos tienen un cumplimiento bajo o inestable, ella dice, con los datos de la investigación retrasados, inaccesible, o totalmente perdido.

    "Todo el mundo reconoce que retener datos en este momento solo evitará que avancemos en COVID-19, ", Dice Benjamin-Chung." Lo que me encantaría ver después de que esta (pandemia) termine es que la forma en que compartimos los datos se vuelve más sólida.

    "Si dices que este artículo realmente tiene datos abiertos, Me encantaría que hubiera un enlace para acceder a los datos ".

    Para que eso suceda Será necesario un cambio de paradigma:de los investigadores acostumbrados a acumular datos a las revistas comerciales que durante mucho tiempo les han dado razones para hacerlo.

    Y la presión sigue aumentando:la Casa Blanca ahora está considerando una política para exigir que todas las investigaciones financiadas con fondos federales se publiquen en acceso abierto, incluso fuera de las pandemias. (Los editores se han manifestado en protesta, escribiendo una carta al presidente Donald Trump advirtiendo que la política "pondría en peligro la propiedad intelectual de las organizaciones estadounidenses" y "nos obligaría a entregarla al resto del mundo de forma gratuita").

    Sin tales leyes, los editores inevitablemente se alejarán del acceso abierto una vez que los cielos comiencen a despejarse.

    Ellos intentarán por lo menos.

    "Espero que haya una revolución cuando (las revistas) comiencen a intentar obtener dinero por su contenido nuevamente, "Dice Glusker." Pero esa es una discusión diferente ".


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