El reino que incluye organismos a los que se les atribuye la capacidad de descomponer plantas y animales muertos en suelos fértiles es el reino Fungi. Los hongos desempeñan un papel crucial en el reciclaje y la descomposición de nutrientes en diversos ecosistemas. Poseen enzimas únicas que les permiten descomponer la materia orgánica compleja en sustancias más simples, permitiendo que otros organismos utilicen estos nutrientes. Algunos ejemplos bien conocidos de hongos implicados en la descomposición son los hongos, el moho y las levaduras.