Antes de utilizar eDNA para la detección de especies invasoras, los investigadores primero deben seleccionar las especies objetivo que buscan y recolectar muestras de referencia. Se trata de obtener muestras de ADN conocidas de las especies invasoras de interés. Las muestras de referencia son cruciales para crear una base de datos de referencia de ADNe, que se utilizará para comparar con el ADNe recolectado de la vía fluvial. Disponer de muestras de referencia precisas y representativas es un paso fundamental para garantizar la eficacia y especificidad de la vigilancia del ADNe para las especies invasoras objetivo.