Los enlaces covalentes se forman cuando dos átomos comparten electrones. En los ácidos nucleicos, los átomos que están unidos covalentemente son carbono, nitrógeno, oxígeno, hidrógeno y fósforo. Los enlaces covalentes de los ácidos nucleicos son muy fuertes, razón por la cual los ácidos nucleicos son tan estables.
Los enlaces iónicos se forman cuando un átomo cede un electrón a otro átomo. En los ácidos nucleicos no existen enlaces iónicos porque todos los átomos comparten electrones.