Además de la diferencia en composición, los compuestos y las moléculas también difieren en sus propiedades. Los compuestos suelen ser más estables que las moléculas y tienen puntos de ebullición y de fusión más altos. Esto se debe a que los enlaces químicos entre los átomos de un compuesto son más fuertes que los enlaces entre los átomos de una molécula.
Finalmente, los compuestos y las moléculas difieren en su reactividad. Los compuestos suelen ser más reactivos que las moléculas, porque los enlaces químicos entre los átomos de un compuesto se rompen más fácilmente. Esto significa que es más probable que los compuestos experimenten reacciones químicas que las moléculas.