1. Preparación de la muestra: La microscopía electrónica requiere una preparación de muestra extensa. Los microorganismos deben ser cuidadosamente fijos, deshidratados y a menudo recubiertos con una capa delgada de metal. Este proceso puede llevar mucho tiempo, desafiante técnicamente y potencialmente distorsionar la estructura natural del organismo.
2. Limitado a muestras muertas: La microscopía electrónica utiliza haces de electrones de alta energía que pueden dañar las muestras biológicas. Por lo tanto, solo es adecuado para ver microorganismos muertos o conservados. Esto hace imposible estudiar los procesos dinámicos que ocurren dentro de las células vivas.
3. Costo y complejidad: Los microscopios electrónicos son equipos caros que requieren capacitación y experiencia especializadas para operar. Esto limita su accesibilidad a investigadores e instituciones con recursos adecuados.