Si bien muchos científicos contribuyeron a la comprensión de las bacterias, la primera persona que observó y describe las bacterias fue Antonie van Leeuwenhoek en el siglo XVII.

Utilizó un microscopio simple que construyó para examinar el agua del estanque, el agua de lluvia y los raspados de sus dientes. Estaba asombrado de ver a pequeñas criaturas moviéndose, que llamó "animalcules". Aunque no entendía cuáles eran estas criaturas, sus observaciones y descripciones detalladas sentaron las bases para futuros estudios sobre microorganismos.