La pepsina es esencial para la digestión de las proteínas en el estómago. Descompone las proteínas en péptidos más pequeños, que luego pueden ser descompuestos por otras enzimas digestivas en el intestino delgado. Sin pepsina, el cuerpo no sería capaz de digerir adecuadamente las proteínas, lo que podría provocar desnutrición.
El pepsinógeno también es importante para proteger el estómago del ambiente ácido. El ácido clorhídrico es muy corrosivo y puede dañar las células del revestimiento del estómago. El pepsinógeno ayuda a proteger el estómago formando una capa protectora en la superficie de las células. Esta capa ayuda a evitar que el ácido entre en contacto con las células y cause daños.