La afirmación sobre la ausencia de un sistema inmunológico importante en muchas bacterias debido a la autoinmunidad no es exacta. La autoinmunidad se asocia típicamente con el sistema inmunológico de los vertebrados y se caracteriza por una respuesta inmune dirigida contra los propios tejidos o células del cuerpo. Las bacterias no tienen un sistema inmunológico adaptativo comparable al de los vertebrados y no exhiben autoinmunidad de la misma manera. Las bacterias poseen varios mecanismos de defensa para protegerse contra amenazas e infecciones externas, que incluyen barreras físicas como la pared y la membrana celular, sistemas de modificación de restricción, sistemas CRISPR-Cas y otros mecanismos de tipo inmunológico.