La transcriptómica espacial es una nueva tecnología que permite a los investigadores medir la expresión genética de las células en una muestra de tejido preservando al mismo tiempo sus relaciones espaciales. Estos datos se pueden utilizar para crear un mapa del tejido, que muestra qué genes se expresan en cada célula y cómo están organizados entre sí.
TissueMapper utiliza esta información espacial para inferir las interacciones entre las células y sus vecinas. El algoritmo primero identifica grupos de células que expresan genes similares. Luego, estos grupos se utilizan para crear una red de interacciones, que muestra cómo las células están conectadas entre sí.
Los investigadores probaron TissueMapper en varias muestras de tejido diferentes, incluidos piel, cerebro y corazón. El algoritmo pudo identificar con precisión las interacciones entre las células de cada tejido y predecir cómo responderían los tejidos a diferentes estímulos.
"TissueMapper es una nueva y potente herramienta que puede utilizarse para comprender cómo se organizan los tejidos y cómo funcionan", afirmó Alex Pollen, PhD, investigador de la UCSF y uno de los desarrolladores de TissueMapper. "Esta información podría usarse para desarrollar nuevos medicamentos y terapias dirigidas a tipos de células o interacciones específicas".
El estudio fue publicado en la revista Nature Methods.
