Investigadores del Centro Médico de la Universidad de Leiden (LUMC) y la Universidad Tecnológica de Delft (TU Delft) han presentado una técnica interactiva en la revista científica Comunicaciones de la naturaleza para la identificación de tipos de células raras en muestras grandes. El profesor Frits Koning de LUMC dice:"Puedes encontrar una aguja en un pajar".
Para conocer cómo ocurren ciertas enfermedades, los investigadores buscan información precisa en grandes cantidades de datos. Desde el 2013, LUMC ha utilizado CyTOF, una máquina que puede caracterizar millones de células simultáneamente en muestras como mucosa intestinal o sangre. CyTOF hace esto midiendo la presencia por célula de aproximadamente 40 proteínas en la pared celular. Usando el nuevo método desarrollado por LUMC y TU Delft, Los investigadores ahora pueden estudiar estos datos con todo lujo de detalles.
"Este tipo de muestra contiene cientos de tipos de células diferentes, "explica Vincent van Unen, Investigador de LUMC en el departamento de Inmunohematología y Transfusión Sanguínea (BHI). "Ya había métodos disponibles para analizar los datos CyTOF, pero estos daban una imagen global de todas las células, o una imagen detallada de un grupo aleatorio de celdas, digamos alrededor del 20 por ciento. Pero los tipos de células más interesantes en una muestra de tejido, tipos de células que están relacionadas con la enfermedad o la salud, a menudo son escasos y los extrañará si solo estudia un grupo de células en detalle.
Visión general
La nueva técnica de análisis resuelve este problema. El sistema primero produce una imagen bidimensional en la que las células de la muestra de tejido se agrupan de acuerdo con sus similitudes subyacentes. Las celdas no se muestran individualmente; hacerlo daría como resultado una masa desordenada de puntos. En lugar de, se muestran como "puntos de referencia, "áreas pequeñas que representan celdas similares entre sí". Esta descripción general omite los detalles, pero toda la información disponible se utiliza para calcular los puntos de referencia, "dice Nicola Pezzotti, Candidato a doctorado en la TU Delft en el grupo de Computación Gráfica y Visualización de la Dra. Anna Vilanova.
Luego, el usuario puede hacer zoom en un grupo de celdas de su elección hasta que las celdas individuales con los marcadores relevantes sean visibles. Pezzotti dice:"Puedes compararlo con Google Earth, donde comienzas con toda la Tierra y luego puedes acercarte directamente a tu propia calle ". Esta metodología visual jerárquica, Cytosplore + HSNE , funciona fácilmente, rápido y bien. "Los puntos de referencia representan grupos celulares conocidos, como ciertas células T y células B en el sistema inmunológico, "dice Thomas Höllt, investigador de LUMC y TU Delft que ayudó a desarrollar la metodología.
"Al acercar, es posible encontrar tipos de células raras que faltan o que están presentes en una enfermedad en particular, como el trastorno intestinal crónico, Enfermedad de Crohn. Eso nos proporciona pistas en la comprensión de esa enfermedad, su diagnóstico y tratamiento específico ".
El artículo, "El análisis visual de los datos de citometría de masas mediante la incrustación de vecinos estocásticos jerárquicos revela tipos de células raras", apareció el 23 de noviembre en Comunicaciones de la naturaleza .
