El estrecho de Makassar, situado entre Kalimantan (Borneo indonesio) y Sulawesi, desempeña un papel crucial en el flujo de Indonesia (ITF) y la oceanografía regional. Conecta los océanos Pacífico e Índico e influye significativamente en el intercambio de agua entre las dos cuencas. Si bien se reconoce que la ITF es el principal impulsor de la dinámica del Estrecho de Makassar, la variación de la salinidad también contribuye a su variabilidad estacional. Aquí, analizamos los efectos de la salinidad en la variabilidad estacional del flujo a través del Estrecho de Makassar utilizando 25 años de datos de reanálisis del océano y observaciones in situ. Nuestros resultados muestran que el transporte de entrada en el Estrecho de Makassar está correlacionado negativamente con la salinidad de la superficie del mar, lo que sugiere una relación inversa entre la salinidad y la fuerza del transporte. Además, los cambios de salinidad afectan la trayectoria del ITF a través del Estrecho de Makassar, influyendo en la circulación superficial dentro del estrecho. Además, sugerimos que los efectos de la salinidad podrían desempeñar un papel fundamental en la variabilidad interanual a decenal del flujo del Estrecho de Makassar, pero se requiere más investigación para verificar estas conexiones.