En la naturaleza, el clorato de potasio desempeña un papel en el ciclo del cloro en el medio ambiente. Es uno de los intermedios formados durante la oxidación de iones cloruro en agua de mar y otros cuerpos de agua naturales. El proceso de oxidación suele estar impulsado por la acción de microorganismos, como ciertas bacterias y algas, que utilizan el cloruro como donante de electrones durante la fotosíntesis.
El clorato de potasio también se encuentra en algunas plantas, donde puede acumularse como resultado de los procesos metabólicos de la planta o como resultado de la absorción de clorato del medio ambiente. Sin embargo, las concentraciones de clorato de potasio en las plantas suelen ser muy bajas y no suponen un riesgo significativo para la salud humana o el medio ambiente.
En general, el clorato de potasio es una sustancia natural que se encuentra en los depósitos minerales y como resultado de la actividad microbiana en el medio ambiente. Su presencia y distribución están influenciadas por factores geológicos y biológicos, y sus concentraciones son generalmente bajas en los ecosistemas naturales.