El colágeno es el rey de las proteínas biológicas, y ahora tiene un SCEPTTr.

Ese es el control de un algoritmo desarrollado por científicos de la Universidad de Rice que estudian versiones naturales y sintéticas del colágeno. que representa aproximadamente un tercio de las proteínas del cuerpo y forma el pegamento fibroso en la piel, huesos, músculos, tendones y ligamentos.

El programa:nombre completo, Función de puntuación para la temperatura de transición de péptidos emuladores de colágeno:predice con precisión la estabilidad de las hélices triples de colágeno. la estructura primaria que forma fibrillas.

El equipo de Rice dirigido por el químico y bioingeniero Jeffrey Hartgerink y el estudiante de posgrado Douglas Walker probó SCEPTTr en 431 hélices triples de colágeno de sus propios experimentos y de la literatura y también lo utilizó para guiar el diseño de una nueva hélice de colágeno sintético.

El estudio en Química de la naturaleza podría ayudar a los investigadores a comprender mejor el papel de la proteína fundamental en la cicatrización de heridas y el cáncer y podría usarse para diseñar colágenos sintéticos, según los investigadores.

El documento mejora significativamente el proyecto del laboratorio de 2012 para predecir la estabilidad de las estructuras de colágeno sintético. "Una de sus limitaciones es que solo entendía un rango muy estrecho de aminoácidos, ", Dijo Hartgerink.

SCEPTTr expande eso a toda la gama de aminoácidos naturales. Eso esencialmente lo convierte en un juego de erectores para el diseño de colágeno, potencialmente colapsando semanas de prueba y error a segundos en una computadora de escritorio.

"La segunda mejora importante es que, si bien el trabajo anterior no podía decirle si una especie de colágeno sería estable a temperatura ambiente, El programa de Doug hace predicciones sobre la temperatura de fusión, el punto en el que se desmorona una triple hélice, "Dijo Hartgerink." La gran parte de eso es que es un valor fácilmente comprobable que se extiende también a las temperaturas fisiológicas.

"Eso es importante para nosotros, porque si se deshace cuando lo pones dentro de un organismo vivo, no es particularmente útil, " él dijo.

SCEPTTr devuelve más de un resultado para un trío dado de secuencias, detallando todas las combinaciones posibles de los péptidos de entrada y proporcionando una temperatura de fusión para cada uno.

"Una de las cosas más importantes que hace SCEPTTr es observar todas las estructuras alternativas que son posibles y le dice cuán estables son. Walker dijo:"Nos ayuda a comprender cómo se verán estas complejas mezclas antes de hacerlas".

Walker aportó una combinación única de talentos al proyecto, dedicando la mitad de su tiempo a sintetizar péptidos de colágeno y la otra mitad a programar SCEPTTr.

"Cuando era estudiante (estudiando química en la Universidad Estatal de Idaho), Seguí tomando clases de matemáticas porque realmente lo disfrutaba, ", explicó." Y llegué al punto en que pensé, 'Bien, Estoy a una clase de una asignatura de matemáticas. Y resultó ser un curso de informática ".

A pesar de las reservas, Walker descubrió que disfrutaba de la programación. "Temprano, Yo dije, 'Oye, Doug, ¿Sabes algo de computadoras? porque tengo un proyecto para ti, '", Recordó Hartgerink." Creo que la idea era que, si no supiera de programación, iba a tener que resolverlo de una forma u otra ".

Walker dijo que el programa estará disponible gratuitamente en línea. "Queremos que este campo sea más accesible, y SCEPTTr debería facilitar que las personas comprendan el colágeno, " él dijo.