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Las arqueas son un dominio distinto de la vida, separadas de las bacterias por diferencias genéticas y bioquímicas fundamentales. Una vez llamadas arqueobacterias, ahora pertenecen al dominio Archaea, donde la clasificación refleja el debate en curso sobre sus orígenes evolutivos. Estos microorganismos prosperan en ambientes que desafían a la mayoría de las formas de vida:respiraderos hidrotermales de aguas profundas, fuentes termales de alta temperatura, lagos hipersalinos y el intestino humano.
Un arqueón de respiraderos bien estudiado es Methanocaldococcus jannaschii , clasificadas como Archaea:Euryarchaeota:Methanobacteria; Metanobacterias:Methanobacteriaceae; Metanocaldococo , especie jannaschii . Aislado de un respiradero en el fondo del océano, soporta presiones superiores a 200 atmósferas y temperaturas superiores a 85°C. El organismo es anaeróbico y produce metano como subproducto metabólico.
Methanobrevibacter smithii (Archaea; Euryarchaeota; Methanobacteria; Methanobacteriales; Methanobacteriaceae; Methanobrevibacter; especie smithii ) coloniza el tracto gastrointestinal humano. Funciona sin oxígeno, convirtiendo el CO₂ en metano y ayudando en la digestión de nutrientes complejos.
El Haloquadratum walsbyi de forma cuadrada (Archaea; Euryarchaeota; Halobacterias; Halobacteriales; Halobacteriaceae; Haloquadratum; especie walsbyi ) prospera en ambientes hipersalinos. Su proceso fotosintético aprovecha la energía solar y sus sacos llenos de gas permiten la flotabilidad. Cuando las condiciones son adecuadas, estas células forman láminas extensas.
Especialista en respiraderos de aguas profundas Thermococcus litoralis (Archaea; Euryarchaeota; Thermococci; Thermococcaceae; Thermococcus; especie litoralis ) requiere azufre para crecer y, a diferencia de muchas arqueas, no produce metano. Prospera a altas temperaturas y representa un grupo de especies que aún están por descubrir.
El único miembro conocido de la subclase Nanoarchaeota, Nanoarchaeum equitans (Archaea; Nanoarchaeota), se encontró adherido a la pared celular de Ignicoccus especies cerca de respiraderos termales y en las aguas termales de Yellowstone. Con solo 400 nm de diámetro, parece ser un compañero parásito que sobrevive entre 167 °F y 204 °F.