Es conocido como el padre de la taxonomía, la ciencia de la clasificación de los organismos. Desarrolló un sistema de nomenclatura binomial, que le da a cada especie un nombre único de dos partes (género y especie). También estableció un sistema jerárquico de clasificación, agrupando organismos en categorías cada vez más inclusivas:
* Reino
* Phylum
* clase
* orden
* familia
* género
* especies
Si bien el sistema de Linneo sigue siendo la base de la clasificación moderna, se ha modificado y expandido a lo largo de los años a medida que los científicos han adquirido más conocimiento sobre las relaciones entre los organismos. La clasificación moderna tiene en cuenta las relaciones evolutivas y utiliza el ADN y otros datos moleculares para refinar la clasificación de los organismos.