1. Ascomycota: Este es el filo de hongos más grande, que contiene más de 64,000 especies. Los ascomicetos se caracterizan por su producción de esporas en estructuras similares a SAC llamadas ASCI. Los ejemplos incluyen levaduras, trufas y morenas.

2. Basidiomycota: Este filo contiene alrededor de 30,000 especies, incluidos hongos, sapos, bolas de hojaldre y hongos en el estante. Los basidiomicetos se distinguen por sus estructuras reproductivas en forma de club llamadas basidia.

3. Zygomycota: Este filo contiene alrededor de 1,000 especies, incluidos los moldes de pan y algunos hongos del suelo. Los cigomicetos se reproducen sexualmente formando una cigosao de paredes gruesas.

4. Glomeromycota: Este filo contiene solo unas 200 especies, pero son increíblemente importantes para sus relaciones simbióticas con las plantas. Los glomeromycetes forman micorrizas arbusculares, que ayudan a las plantas a absorber nutrientes del suelo.

Si bien estos son los cuatro principales Phyla, es importante tener en cuenta que la taxonomía fúngica aún está evolucionando. Algunos científicos sugieren un quinto filo importante, Chytridiomycota , que incluye principalmente hongos acuáticos.