He aquí por qué:
* bacterias gram-positivas Tener una capa gruesa de peptidoglucano en su pared celular. Esta capa atrapa el tinte de violeta cristal utilizado en el proceso de tinción, haciendo que las bacterias parezcan moradas.
* bacterias gramnegativas Tener una capa de peptidoglucano más delgada y una membrana externa. La capa de peptidoglucano más delgada no retiene el tinte violeta cristalino también, por lo que se lava durante el paso de decoloración. Sin embargo, estas bacterias toman la contratinta (safranina), lo que las hace parecer rosadas.
Por lo tanto, la técnica de tinción de Gram diferencia a las bacterias basadas en la estructura de su pared celular, específicamente en el grosor de la capa de peptidoglicano.