Euglena gracilis se clasifica dentro del Phylum euglenozoa Dentro del reino Protista. Aquí hay un desglose de su clasificación:

* dominio: Eukarya

* Reino: Protista

* Phylum: Euglenozoa

* Clase: Euglenophyceae

* Orden: Euglenales

* Familia: Euglenaceae

* género: Euglena

* especies: Euglena gracilis

Es importante tener en cuenta que la clasificación de los organismos puede cambiar a medida que evoluciona la comprensión científica.