Sin embargo, hay otro movimiento, menos significativo, de protones que también contribuye al gradiente de protones:
* Desde el espacio intermembrana hasta el estroma: Esto sucede a través de los canales de fuga de protones En la membrana interna del cloroplasto. Este movimiento es menos eficiente que el primario a través de la membrana tilacoidea, y su contribución al gradiente de protones es relativamente pequeña.
Es importante recordar que la quimiosmosis en los cloroplastos está impulsado principalmente por el gradiente de protones a través de la membrana tilacoidea . El movimiento de los protones desde el espacio intermembrana hasta el estroma es un proceso secundario que contribuye en menor medida.