La secuencia de anticodones del ARNt debe ser complementaria a la secuencia de codones del ARNm. Esto significa que las bases del anticodón deben poder formar enlaces de hidrógeno con las bases del codón. Por ejemplo, el anticodón UAC podría unirse al codón AUG, porque la U del anticodón formaría enlaces de hidrógeno con la A del codón, y la C del anticodón formaría enlaces de hidrógeno con la G del codón.

Además de la secuencia del anticodón, la estructura general de la molécula de ARNt también desempeña un papel a la hora de determinar si puede unirse o no a un ARNm. La molécula de ARNt debe poder plegarse en una forma específica que permita que el anticodón quede expuesto y accesible al ARNm. Esta forma está determinada por las interacciones entre las diferentes bases de la molécula de ARNt, así como por las interacciones entre la molécula de ARNt y otras proteínas.

Finalmente, la unión de una molécula de ARNt a un ARNm también está influenciada por la presencia de otras moléculas, como los iones de magnesio y el GTP. Estas moléculas ayudan a estabilizar la interacción entre el ARNt y el ARNm, y también ayudan a garantizar que la molécula de ARNt correcta se una al ARNm.