- Entrada:datos de secuencia de ARN unicelular (matriz de recuento)

- Control de calidad (QC):elimina células y genes de baja calidad.

- Normalización de datos:normalice los datos para corregir sesgos técnicos.

2. Agrupación

- Realizar agrupaciones en los datos normalizados para identificar grupos de células.

- Se pueden utilizar diferentes métodos de agrupación (por ejemplo, k-medias, agrupación jerárquica, Lovaina)

3. Identificación del gen marcador

- Para cada grupo:

- Calcular la expresión media de cada gen en las células del grupo.

- Comparar la expresión media de genes en el grupo con la de otros grupos.

- Identificar genes que están altamente expresados ​​en el grupo en comparación con otros grupos

4. Validación del gen marcador

- Se pueden aplicar criterios adicionales para seleccionar genes marcadores:

- Cambio de pliegue:Considere genes con un alto cambio de pliegue entre el grupo y otros grupos.

- Significancia estadística:utilice pruebas estadísticas (p. ej., prueba t, prueba de Wilcoxon) para evaluar la importancia de las diferencias de expresión

- Especificidad:Garantizar que los genes marcadores se expresen selectivamente en el grupo de interés.

5. Interpretación y Visualización

- Analizar las funciones y vías asociadas a los genes marcadores identificados.

- Genere mapas de calor, gráficos de volcanes u otras visualizaciones para presentar los genes marcadores y sus patrones de expresión.

6. Validación en conjuntos de datos independientes (opcional)

- Para aumentar la confianza, valide los genes marcadores identificados en un conjunto de datos independiente, si está disponible.