1. Repeticiones terminales invertidas (TIR):muchos elementos transponibles, como los transposones de ADN, tienen repeticiones terminales invertidas (TIR) en sus extremos. Los TIR actúan como secuencias de reconocimiento que están unidas específicamente por enzimas transposasa. Las transposasas pueden reconocer y unirse a los TIR, facilitando la integración del elemento transponible en el genoma del huésped.
2. Duplicaciones del sitio objetivo (TSD):algunos transposones, como los retrotransposones, generan duplicaciones del sitio objetivo (TSD) tras su integración. Los TSD son repeticiones cortas y directas que flanquean el elemento transponible insertado. Las transposasas involucradas en la retrotransposición pueden reconocer e insertar el elemento transponible en regiones con motivos de secuencia de ADN específicos o características estructurales que permiten una integración eficiente.
3. Reparación dirigida por homología (HDR):ciertas secuencias de ADN móviles, en particular los retrotransposones conocidos como LINE (elementos nucleares intercalados largos), pueden utilizar mecanismos de reparación dirigida por homología (HDR) para encontrar sus sitios objetivo. HDR permite la integración precisa de secuencias de ADN en regiones específicas del genoma del huésped en función de la homología de secuencia. Los LINE pueden utilizar sus propias secuencias internas o secuencias de otras regiones genómicas como plantillas para HDR, lo que permite una inserción dirigida.
4. Cebado objetivo:algunos retrotransposones, como los SINE (elementos nucleares intercalados cortos), utilizan un proceso llamado cebado objetivo para la inserción. El cebado objetivo implica que la enzima transcriptasa inversa del retrotransposón explore el genoma del huésped en busca de secuencias específicas, como genes de ARNt u otros elementos SINE. Luego, la transcriptasa inversa utiliza estas secuencias como cebadores para iniciar la transcripción inversa del elemento transponible, lo que lleva a su integración en la ubicación cebada.
5. Accesibilidad a la cromatina:la accesibilidad de las regiones de cromatina también influye en la orientación de las secuencias de ADN móviles. Las enzimas transposasas pueden mostrar preferencias por integrarse en regiones de cromatina abiertas o accesibles, donde el ADN está menos empaquetado. Esto permite una inserción e integración más eficientes del elemento transponible en el genoma huésped.
Es importante señalar que los mecanismos de orientación de las secuencias de ADN móviles pueden ser complejos y variar entre diferentes clases y familias de elementos transponibles. Las preferencias y mecanismos de focalización específicos también pueden evolucionar con el tiempo, contribuyendo a la diversidad y dinámica de las inserciones de elementos transponibles dentro del genoma del huésped.
