1. Encuadernación y escaneo inicial:
Los TF normalmente inician la búsqueda de sus sitios objetivo uniéndose a secuencias de ADN no específicas o sitios de unión de baja afinidad. Esta unión inicial les permite escanear el ADN en busca de posibles sitios objetivo.
2. Difusión unidimensional:
Una vez unidos al ADN, los TF pueden moverse a lo largo de la molécula de ADN mediante difusión unidimensional. Esto implica una serie de eventos rápidos de unión y disociación, que permiten al TF tomar muestras de la secuencia de ADN.
3. Difusión facilitada:
Además de la difusión unidimensional, los TF también pueden utilizar la difusión facilitada para mejorar su búsqueda. Esto implica unirse a otras proteínas o factores de unión al ADN que pueden guiarlos hacia sus sitios objetivo.
4. Bucle de ADN y accesibilidad a la cromatina:
La organización del ADN en bucles de cromatina y la accesibilidad de las regiones del ADN pueden influir en la unión del TF. Algunos TF pueden inducir bucles de ADN, acercando elementos reguladores distantes, mejorando así la accesibilidad al sitio objetivo.
5. Unión cooperativa y complejos TF:
Los TF pueden formar complejos con otros TF o cofactores, lo que puede facilitar el reconocimiento del sitio objetivo y mejorar la especificidad de unión. La unión cooperativa permite que múltiples TF trabajen juntos y aumenten la eficiencia de la selección del sitio objetivo.
6. Degeneración y flexibilidad del sitio objetivo:
Los TF suelen tener cierta flexibilidad en el reconocimiento de su sitio objetivo, lo que significa que pueden unirse a secuencias de ADN ligeramente diferentes con afinidades variables. Esta degeneración permite a los TF regular una gama más amplia de genes.
7. Concurso y concurso de sitios vinculantes:
La unión de los TF a sus sitios objetivo no siempre es sencilla. Pueden encontrar competencia con otros TF o proteínas de unión al ADN por el mismo sitio de unión. Esta competencia puede influir en la accesibilidad y ocupación de los sitios objetivo.
La exploración del genoma por los TF es un proceso complejo y dinámico influenciado por varios factores, incluida la secuencia del ADN, la estructura de la cromatina, las propiedades de los TF y el contexto celular. Comprender los mecanismos por los cuales los TF encuentran sus sitios objetivo es crucial para descifrar las redes reguladoras que gobiernan la expresión genética y la función celular.
