Sin embargo, hay dos problemas importantes con esta teoría tradicional:
1- La evidencia fósil muestra que la vida compleja no se formó de esta manera. De repente aparecen organismos en el registro fósil, que ya son complejos.
2- La competencia darwiniana entre especies no podría haber sido el único impulsor de la evolución de la complejidad, ya que fue la competencia dentro de las especies -así como la cooperación de sus células- la que facilitó la evolución de la complejidad.
Una teoría de adentro hacia afuera de la evolución de la complejidad supera estos problemas.
La idea de una evolución "de adentro hacia afuera" de la complejidad biológica sugiere que los propios genomas pueden experimentar una evolución de la complejidad.
Implica competencia y cooperación entre elementos genéticos egoístas dentro del genoma más que entre especies.
Por ejemplo, Los transposones son secuencias de ADN repetitivas que pueden moverse dentro de un genoma. Los transposones pueden proporcionar efectos beneficiosos y perjudiciales al genoma, contribuyendo a la evolución.
Además, los genomas son sistemas complejos que se autoorganizan y crean nuevos cambios genéticos y epigenéticos. Estos cambios dan lugar a nuevos fenotipos, que pueden sufrir selección natural a nivel del organismo. Este mecanismo de adentro hacia afuera ofrece una explicación más completa de los orígenes evolutivos de los sistemas biológicos complejos.
