Los investigadores de HITS desarrollaron tauRAMD, una herramienta para predecir los tiempos de residencia del fármaco objetivo a partir de simulaciones breves. El método se ilustra en la portada de la edición de julio de 2018 del Journal of Chemical Theory and Computation, El software está disponible gratuitamente.

El diseño de un fármaco con una duración de acción deseada, ya sea largo o corto, Suele ser un proceso complicado y costoso de prueba y error guiado únicamente por una combinación de intuición experta y serendipia. Uno de los parámetros que afectan la eficacia del fármaco es la vida útil del complejo formado entre un fármaco y su proteína diana. cuya función debe ser alterada, p.ej. inhibido. En la práctica, muchos compuestos químicos posibles deben sintetizarse y luego probarse para descubrir un fármaco candidato apropiado.

Método fácil y alto rendimiento.

Como parte del proyecto Kinetics for Drug Discovery (K4DD) apoyado por la empresa conjunta EU / EFPIA Innovative Medicines Initiative, Los investigadores del grupo de Modelado Molecular y Celular (MCM) del Instituto de Estudios Teóricos de Heidelberg (HITS) desarrollaron un método computacionalmente eficiente y fácil de usar para predecir la vida relativa de los complejos de una proteína diana con diferentes fármacos candidatos. Los científicos demostraron el alto rendimiento predictivo del enfoque computacional utilizando datos experimentales medidos por colaboradores en Merck KGaA (Darmstadt), Sanofi-Aventis Deutschland (Fráncfort del Meno), y Sanofi R&D (Vitry-sur-Seine, Francia).

El método, llamado tauRAMD (tiempo de residencia, tau, La estimación mediante simulaciones de dinámica molecular de aceleración aleatoria) se ha desarrollado para facilitar su uso y permite calcular tiempos de residencia prolongados con simulaciones breves. Se ha aplicado con éxito a diversos conjuntos de compuestos que se unen a una variedad de proteínas diana de importancia terapéutica. El software está disponible gratuitamente en www.h-its.org/downloads/ramd/.