Investigadores de la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign han utilizado simulaciones de dinámica molecular para comprender cómo el dodecil sulfato de sodio provoca el desarrollo de proteínas. El SDS se usa comúnmente en laboratorios para separar proteínas y determinar sus pesos moleculares. Sin embargo, aún no está claro cómo influye el SDS en la estructura de la proteína.

El artículo "Despliegue de proteínas por SDS:los mecanismos microscópicos y las propiedades del ensamblaje de proteínas SDS" se publicó en Nanoescala .

"Nuestro estudio descubrió los detalles microscópicos de cómo ocurren estas interacciones en varias millonésimas de segundo, "dijo David Winogradoff, investigador asociado postdoctoral en el grupo Aksimentiev. "Estábamos representando físicamente cada átomo que estaba presente en el sistema, y lo hicimos a altas temperaturas para acelerar el proceso de unión del SDS a la proteína, así como el desdoblamiento ".

Los investigadores utilizaron varias supercomputadoras para crear simulaciones de las interacciones SDS-proteína. "Con estas diferentes supercomputadoras pudimos completar nuestros estudios en un período de una semana en lugar de un año, "dijo Aleksei Aksimentiev, profesor de física biológica y miembro de la facultad del Instituto Beckman de Ciencia y Tecnología Avanzadas.

Las simulaciones les ayudaron a comprender cómo el SDS provoca el despliegue de las proteínas y en qué medida se despliegan las proteínas. "Nuestros estudios muestran que hay áreas de proteínas que están expuestas y áreas que están envueltas alrededor de SDS, como cuentas en una cuerda, ", Dijo Aksimentiev.

Aunque las simulaciones proporcionan información detallada sobre las interacciones, eran demasiado cortos para probar el equilibrio entre el SDS unido a las proteínas desplegadas y el SDS disuelto en la solución circundante. "El método de dinámica molecular nos permite proporcionar detalles moleculares finos que son inaccesibles a otras técnicas, "Dijo Winogradoff.

"SDS se ha utilizado durante mucho tiempo. Nuestro estudio permite nuevas aplicaciones de SDS como agente de despliegue para facilitar la secuenciación de proteínas, ", Dijo Aksimentiev." Queremos saber cómo están dispuestas las moléculas de SDS en las proteínas para que podamos conducir estas cadenas a través de un nanoporo y leer la secuencia ".