Uno de los principales argumentos contra la visión tradicional del Archaeopteryx como un ancestro directo de las aves es el hecho de que carece de algunas de las características clave que son características de las aves modernas. Por ejemplo, _Archaeopteryx_ tiene una cola larga y ósea, mientras que las aves modernas tienen colas cortas y pigóstilas. _Archaeopteryx_ también tiene tres dedos en cada ala, mientras que las aves modernas sólo tienen dos.
Otro argumento en contra de la visión tradicional del _Archaeopteryx_ es el hecho de que se ha encontrado en la misma formación geológica que el _Compsognathus_, un pequeño dinosaurio carnívoro que no está estrechamente relacionado con las aves. Esto sugiere que el Archaeopteryx pudo haber vivido junto a los dinosaurios, en lugar de ser un antepasado directo de las aves.
A pesar de estos desafíos, la posición sistemática de _Archaeopteryx_ sigue siendo un tema de debate. Algunos científicos todavía creen que _Archaeopteryx_ es un fósil de transición entre dinosaurios y aves, mientras que otros creen que es un pariente cercano de los dinosaurios _Deinonychus_ y _Velociraptor_. Se necesita más investigación para resolver este debate.