El tipo más común de cristal mineral depositado en la sustancia fundamental orgánica es la hidroxiapatita, que es un compuesto de fosfato de calcio. Otros tipos de cristales minerales que se pueden depositar incluyen carbonato de calcio, oxalato de calcio y fosfato de magnesio. La composición de los cristales minerales depende del pH y de las concentraciones de iones del entorno.
La deposición de cristales minerales en una sustancia fundamental orgánica puede tener varios efectos sobre el tejido. En algunos casos, puede provocar la formación de estructuras duras y quebradizas, como huesos y dientes. En otros casos, puede provocar la formación de tejidos blandos y flexibles, como el cartílago. La deposición de cristales minerales también puede afectar la función del tejido. Por ejemplo, la deposición de calcio en los vasos sanguíneos puede provocar aterosclerosis, que es un estrechamiento de las arterias.