La enzima PR-DUB puede eliminar específicamente la marca de ubiquitina H2AK119 mediante un mecanismo único. Este mecanismo implica el uso de un dominio de dedos de zinc, que es un dominio proteico que puede unirse a secuencias de ADN específicas. La enzima PR-DUB utiliza su dominio de dedo de zinc para unirse a la secuencia de ADN que rodea la marca de ubiquitina H2AK119. Esta unión permite que la enzima PR-DUB escinda la marca de ubiquitina de la histona, eliminando así la marca y restaurando la función normal del complejo PRC1.
La eliminación específica de la marca de ubiquitina H2AK119 mediante PR-DUB es esencial para el correcto funcionamiento del complejo PRC1. Este complejo participa en el silenciamiento de genes y la eliminación de la marca de ubiquitina H2AK119 permite que el complejo PRC1 se una a los genes diana y los silencie. Esto es esencial para la regulación adecuada de la expresión genética y la función general de las células.