Durante más de una década, Los científicos que estudian la epigenética han utilizado un método poderoso llamado ChIP-seq para mapear los cambios en las proteínas y otros factores reguladores críticos en todo el genoma. Si bien ChIP-seq proporciona información invaluable sobre los fundamentos de la salud y la enfermedad, También se enfrenta a un desafío frustrante:sus resultados a menudo se consideran cualitativos más que cuantitativos, dificultando la interpretación.

Pero, resulta, ChIP-seq puede haber sido cuantitativo todo el tiempo, de acuerdo con un informe reciente seleccionado como una selección de los editores y presentado en la portada de la Revista de química biológica .

"ChIP-seq es la columna vertebral de la investigación en epigenética. Nuestros hallazgos desafían la creencia de que se requieren pasos adicionales para hacerlo cuantitativo, "dijo Brad Dickson, Doctor., científico de planta del Instituto Van Andel y autor correspondiente del estudio. "Nuestro nuevo enfoque proporciona una forma de cuantificar los resultados, lo que hace que ChIP-seq sea más preciso, dejando intactos los protocolos estándar ".

Los intentos anteriores de cuantificar los resultados de ChIP-seq han llevado a que se agreguen pasos adicionales al protocolo, incluido el uso de "spike-ins, "que son aditivos diseñados para normalizar los resultados de ChIP-seq y revelar cambios de histonas que de otro modo podrían quedar ocultos. Estos pasos adicionales aumentan la complejidad de los experimentos al tiempo que agregan variables que podrían interferir con la reproducibilidad. Es importante destacar que, el estudio también identifica un problema de sensibilidad en la normalización de picos que no se ha discutido previamente.

Usando un modelo físico predictivo, Dickson y sus colegas desarrollaron un enfoque novedoso llamado método sans-spike-in para la secuenciación cuantitativa de ChIP, o siQ-ChIP. Permite a los investigadores seguir el protocolo estándar ChIP-seq, eliminando la necesidad de picos, y también describe un conjunto de mediciones comunes que deben informarse para todos los experimentos de ChIP-seq para garantizar la reproducibilidad y la cuantificación.

Aprovechando la reacción de unión en el paso de inmunoprecipitación, siQ-ChIP define una escala física para secuenciar los resultados que permite la comparación entre experimentos. La escala cuantitativa se basa en la isoterma de unión de los productos de inmunoprecipitación.