1. Registro fósil: Los fósiles proporcionan un registro directo de vida en el pasado. Muestran una progresión de los organismos a lo largo del tiempo, con fósiles más antiguos generalmente más simples que los más nuevos. Esto respalda la idea del cambio gradual y el descenso con modificación. Además, los fósiles de transición (como Archaeopteryx, que tiene características de reptiles y aves) muestran vínculos evolutivos entre diferentes grupos.
2. Anatomía comparativa: Las similitudes anatómicas entre diferentes especies sugieren ascendencia común. Por ejemplo, la estructura ósea de un brazo humano, un ala de murciélago, una aleta de ballenas y una pierna de caballo son notablemente similar, a pesar de que estas estructuras sirven diferentes funciones. Esto se explica por el descenso de un antepasado común con una estructura esquelética similar.
3. ADN y biología molecular: El código genético (ADN) es universal en todas las formas de vida, lo que sugiere un origen común. La comparación de secuencias de ADN entre diferentes especies nos permite reconstruir las relaciones evolutivas y estimar cuán estrechamente se relacionan las especies. Además, la presencia de genes homólogos (genes con secuencias similares en diferentes especies) respalda aún más la idea de ascendencia compartida y cambio evolutivo.