Los primeros sistemas de clasificación, como los de Aristóteles, se centraron principalmente en animales y plantas . Se basaron en gran medida en características observables, y los microorganismos eran simplemente demasiado pequeños para ser vistos a simple vista.

Por lo tanto, microorganismos , incluidas bacterias, hongos, protistas y virus, se faltaban De estas primeras clasificaciones.

Fue solo con la invención del microscopio en el siglo XVII que los científicos comenzaron a descubrir y clasificar estos organismos microscópicos.