* Modificación de sitios de reconocimiento: Las enzimas de restricción a menudo reconocen secuencias de ADN cortas específicas llamadas sitios de reconocimiento. Estos sitios típicamente tienen 4-8 pares de bases de largo. Para prevenir la autocutación, el ADN bacteriano (donde se originan las enzimas de restricción) tiene un mecanismo de defensa incorporado. Estas secuencias de ADN se modifican químicamente (generalmente por metilación) por otras enzimas. Esta modificación "oculta" el sitio de reconocimiento de la enzima de restricción, evitando que se una y corte.
* Metilación: La metilación es el proceso de agregar un grupo metilo (CH3) a una base en la secuencia de ADN. Esta modificación altera la forma del ADN y la hace irreconocible para la enzima de restricción.
* Especificidad y protección: Cada enzima de restricción tiene una secuencia de reconocimiento específica, y su sistema de modificación está personalizado para que coincida. Esto asegura que la enzima corta el ADN extraño (que generalmente no está metilado) mientras deja su propio ADN intacto.
En resumen: No es que las enzimas de restricción no puedan cortar su propio ADN, es que sus células huésped han evolucionado mecanismos (principalmente metilación) para proteger su propio ADN de las enzimas que producen. Esto asegura que la enzima de restricción pueda defenderse efectivamente contra los virus invasores u otro ADN extraño, sin dañar el propio material genético del huésped.