Si bien también hay algunos hongos, virus y arqueas en el intestino, las bacterias constituyen la gran mayoría (se estima que son billones de bacterias). Estas bacterias pertenecen a miles de especies diferentes, siendo la fila más común:
* Bacteroidetes: Estas bacterias juegan un papel en la descomposición de los carbohidratos complejos y la producción de ácidos grasos de cadena corta.
* Firmicutes: Estas bacterias están involucradas en la producción de vitaminas y el desglose de las fibras dietéticas.
* Actinobacteria: Estas bacterias contribuyen al desarrollo del sistema inmune y ayudan con la absorción de nutrientes.
* Proteobacteria: Mientras que algunas proteobacterias son beneficiosas, otras pueden ser patógenas y contribuir a la inflamación intestinal.
La composición específica de la flora intestinal varía de persona a persona, influenciada por factores como la genética, la dieta, el estilo de vida y los medicamentos.
