1. Técnicas moleculares:
* Secuenciación directa: El ADN se puede extraer directamente de muestras ambientales (suelo, agua, etc.) y secuenciado. Esto permite a los investigadores identificar las especies presentes, incluso si no pueden cultivarse en un laboratorio.
* PCR (reacción en cadena de la polimerasa): Las secuencias de ADN específicas se pueden amplificar a partir de muestras ambientales utilizando PCR, lo que permite la detección e identificación de bacterias específicas.
* metagenómica: Se secuencia todo el material genético (ADN) de una muestra ambiental, lo que permite la identificación de todas las especies bacterianas presentes, incluidas las que son incultivables.
* metatranscriptomics: Esta técnica analiza el ARN presente en una muestra ambiental, proporcionando información sobre los genes que están siendo expresados activamente por las bacterias, ofreciendo información sobre sus funciones e interacciones.
2. Técnicas microscópicas:
* Fluorescencia hibridación in situ (pez): Las sondas fluorescentes que se unen a secuencias de ADN específicas se utilizan para visualizar las bacterias dentro de su entorno natural. Esta técnica permite a los investigadores identificar y cuantificar bacterias específicas sin necesidad de cultivarlas.
* microscopía electrónica (EM): EM proporciona imágenes de alta resolución de bacterias, revelando su morfología y características estructurales. Si bien EM no puede identificar directamente las especies, puede ayudar a clasificar las bacterias en función de su apariencia.
3. Ensayos funcionales:
* etiquetado de isótopos: Los isótopos estables (como 13C o 15N) se utilizan para rastrear el metabolismo de las bacterias dentro de una muestra ambiental. Esto permite a los investigadores estudiar los roles funcionales de las bacterias en el ecosistema, incluso si no pueden ser cultivados.
4. Culturas de enriquecimiento:
* Simulación de entornos específicos: Las condiciones ambientales se simulan en el laboratorio para favorecer el crecimiento de bacterias específicas. Este método no implica un cultivo completo, pero puede enriquecer la población de ciertas bacterias, lo que facilita su estudio.
5. Técnicas de cocultivo:
* creciendo con otros organismos: Algunas bacterias requieren la presencia de otros organismos para crecer. Al cocinar con especies conocidas, los investigadores a veces pueden cultivar con éxito bacterias previamente incultivables.
Es importante tener en cuenta que estos métodos tienen sus fortalezas y limitaciones. A menudo, una combinación de enfoques se utiliza para obtener una comprensión más completa de las bacterias presentes en un entorno particular.
