Enterobacter aerogenes es una bacteria gram-negativa con una morfología en forma de varilla . Esto significa que tiene una pared celular que no retiene la tinción de violeta cristalina utilizada en la tinción de gram, y sus células parecen verbas cilíndricas cortas bajo un microscopio.

Si bien su disposición celular no es una característica definitoria, Enterobacter aerogenes generalmente ocurre en pares o cadenas cortas . Esta disposición no está tan bien agrupada como una disposición de "coccus" (bacterias esféricas en grupos) o tan extendida como una disposición "filamentosa" (estructuras largas y de cadena).

Es importante tener en cuenta que la disposición específica puede variar según las condiciones de crecimiento y la etapa del ciclo de vida bacteriano.