He aquí por qué:

* Características compartidas: Archaea y eucariotas comparten varias características únicas que no se encuentran en las bacterias, como:

* Estructuras genéticas similares y mecanismos de transcripción

* Estructuras ribosomas similares

* La presencia de proteínas similares a las histonas que ayudan a organizar el ADN

* El uso de lípidos de membrana similares

* Evidencia filogenética: Los estudios filogenéticos moleculares, particularmente aquellos que analizan secuencias de ARN ribosómico, respaldan firmemente la idea de que Archaea y Eukarya comparten un antepasado común, formando un clado llamado "Tokaryotes" .

Si bien las bacterias también comparten algunas similitudes con los eucariotas, tienen una historia evolutiva fundamentalmente diferente. La estrecha relación entre Archaea y Eukarya es apoyada por una gran cantidad de evidencia científica y es ampliamente aceptada dentro de la comunidad científica.